Đại Việt chưa kịp tận hưởng niềm vui chiến thắng một cách trọn vẹn thì nhà Nguyên lại một lần nữa đem quân sang xâm chiếm nước ta. 

Trong bầu không khí căng thẳng đó, triều đình đã tiến hành tổng động viên toàn dân tham gia chiến đấu. Lần này, Hiếu Hoàng sẽ là người trực tiếp chỉ huy chiến trận, Hưng Đạo Vương Trần Quốc Tuấn nắm vai trò chỉ huy toàn bộ quân đội. Tổng số quân lính trong hàng ngũ của ta đã lên tới khoảng 32 vạn. Để chuẩn bị cho cuộc chiến, Hiếu Hoàng quyết định đại xá thiên hạ. Nhiều tù nhân được tha, tình nguyện tòng quân ra mặt trận để báo ơn. Hưng Đạo Vương, với kinh nghiệm xông pha qua nhiều trận chiến, sau khi nghiên cứu tình hình quân giặc đã tự tin tâu với vua: "Thế giặc năm nay nhàn!" Nghe thông tin đó, ai nấy đều cảm thấy nhẹ nhõm đi phần nào, nhưng vẫn không hề tỏ ra chủ quan trước sức mạnh của quân địch.

Dưới sự chỉ đạo của triều đình, chiến dịch "vườn không nhà trống" lại một lần nữa được thực thi triệt để hơn bao giờ hết. Thành Thăng Long hoa lệ lại một lần nữa bỏ ngỏ, dân chúng tản đi, để lại cho kẻ thù một kinh thành trống vắng không một bóng người. 

Ngày 3 tháng 9 năm Đinh Hợi (1287), Thoát Hoan khởi binh tiến về phía Nam, mượn tiếng đưa Trần Ích Tắc về nước, nhưng thực chất là để mở đường tiến vào Đại Việt. Quân Nguyên chia làm 3 cánh, lần lượt theo hai đường thuỷ-bộ tiến vào nước ta. Trong khi đó, cánh quân chủ lực do Thoát Hoan đích thân chỉ huy bắt đầu tràn tới, nhưng chúng đã vấp phải sự chống trả quyết liệt của quân dân Đại Việt. 

Tại Bạch Hạc, Trần Nhật Duật trực tiếp chỉ huy 4 vạn quân, giao chiến với cánh quân từ Vân Nam của Giao Lỗ. Trận giao chiến diễn ra vô cùng quyết liệt. Do quân địch có ưu thế hơn về lực lượng nên quân ta đã thất bại lần này, lại bị quân Nguyên cướp lương và một số chiến thuyền. Tình thế trở nên nguy cấp vô cùng. 

Trước tình hình đó, quân ta quyết định rút về Vạn Kiếp để bảo toàn lực lượng. Tại đây, các tướng lĩnh chủ chốt đều được triệu tập để bàn bạc về kế sách quyết định. Trong không khí căng thắng nhưng tràn đầy khí thế, một quyết định lịch sử đã được đưa ra: Trận chiến cuối cùng, nơi sẽ chấm dứt tham vọng của giặc Nguyên, sẽ diễn ra trên sông Bạch Đằng. Tại đâỵ, quân ta sẽ cắm những cây cọc gỗ lim vạt nhọn, bịt sắt, ở dưới lòng sông. Sau đó, ta sẽ lợi dụng lúc thuỷ triều lên để dụ thuyền giặc vào bãi cọc ngầm này mà đánh. Cả đất nước, từ binh sĩ đến dân thường, đều dốc sức chuẩn bị cho trận quyết chiến này. Linh, với những kiến thức về hậu cần, được giao nhiệm vụ chuẩn bị quy mô lớn cho trận chiến cuối cùng này. Nàng cùng các y sĩ và dân binh ngày đêm chuẩn bị thuốc men, vải vóc, lương thực, sẵn sàng cho một cuộc đối đầu không khoan nhượng.

Giữa giai đoạn chuẩn bị căng thẳng cho trận quyết chiến, một buổi chiều muộn, Linh đang ở một trạm y tế dã chiến, được đặt gần một con đường tiếp tế huyết mạch và cũng là một điểm chuyển quân quan trọng. Cô cùng các y sĩ đang tất bật kiểm tra lại những bao tải thuốc men, chuẩn bị cho đợt vận chuyển lớn vào sáng hôm sau. Không khí xung quanh yên tĩnh, chỉ có tiếng gió xào xạc qua tán lá rừng và tiếng rên rỉ của những binh sĩ bị thương.

Bất ngờ, một tiếng la hét thất thanh từ phía bìa rừng vọng lại, xé tan sự tĩnh lặng. Ai nấy đều giật mình hoảng hốt. Không hề có sự chuẩn bị từ trước, một toán kỵ binh Nguyên Mông tinh nhuệ, có lẽ đã luồn lách qua phòng tuyến yếu hơn, bất ngờ ào ạt ập đến trạm tiếp tế. Chúng không chỉ nhắm vào việc cướp phá mà còn có ý định bắt sống những người có giá trị như y sĩ, hoặc đơn giản là reo rắc nỗi kinh hoàng, làm nhụt nhuệ khí của quân ta. Khung cảnh lập tức biến thành một bãi chiến trường hỗn loạn. Lính Đại Việt tại đây hộ tống quá ít ỏi, nhanh chóng bị áp đảo.

Linh, thay vì hoảng loạn, lại lao về phía một y sĩ đang cố gắng che chắn cho các binh sĩ bị thương nằm la liệt. Một tên lính Nguyên Mông to lớn, mặt mày hung tợn như quỷ đói, phát hiện ra Linh. Hắn vung thanh đại đao sáng loáng lên cao, định khống chế bắt cô làm tù binh. Linh chỉ kịp nhắm chặt mắt, cảm nhận luồng khí lạnh lẽo từ lưỡi đao đang xé gió lao xuống.

Đúng vào khoảnh khắc lưỡi đao chỉ còn cách nàng trong gang tấc, một bóng người đột ngột lao đến như tia chớp, nhanh đến mức không ai kịp nhìn rõ. 

Trần Quốc Nghiễn! 

Chàng đã xuất hiện. Chàng đang dẫn một đội quân làm nhiệm vụ trinh sát ở bìa rừng gần đó. Tiếng binh đao dữ dội và tiếng kêu cứu thảm thiết từ phía chạm tiếp tế đã khiến chàng thúc ngựa lao thẳng xuyên rừng. Chàng phi xuống khỏi lưng ngựa, thanh kiếm vụt lên sáng loá. Lưỡi đao của tên lính Nguyên Mông bị chệch hướng bởi một cú đỡ sắc bén, rồi hắn gục ngã dưới mũi kiếm của chàng. Chàng tả xung hữu đột giữa đám quân địch đang vây lấy Linh và các binh sĩ, một mình chống chọi với vài tên giặc để mở một khoảng trống. Một mũi tên sượt qua vai chàng, nhưng không hề nao núng, ánh mắt chàng chỉ một thoáng lo lắng lướt qua Linh rồi lại trở nên lạnh lẽo, đầy sát khí.

Nhưng mối nguy chưa dừng lại. Đám tàn quân dù bị Trần Quốc Nghiễn cầm chân nhưng vẫn hung hãn tấn công, chúng quá đông so với lực lượng ít ỏi của chàng. Đúng lúc đó, một tiếng tù và rền vang, vọng khắp không gian, mang theo một sự trấn an lạ kỳ.

Trần Nhật Duật!

Chàng đã đến. Trần Nhật Duật đang chỉ huy một đội thuỷ quân cơ động tiến lên theo dòng sông. Chàng nhận được tin cấp báo về cuộc tập kích bất ngờ vào trạm tiếp tế trọng yếu. Nắm bắt được tình hình và biết Linh có thể ở đó, chàng lập tức ra lệnh tấn công chớp nhoáng.

Tiếng vó ngựa ầm ầm vang lên, tiếng gươm đao va chạm vang dội hơn bao giờ hết. Trần Nhật Duật, uy phong lẫm liệt trên lưng chiến mã, dẫn đầu đội quân của mình lao vào giữa vòng vây địch. Kiếm pháp của chàng mạnh mẽ, dứt khoát, nhanh chóng dẹp tan tàn quân địch còn sót lại. Dưới sự chỉ đạo tài tình của chàng, quân Đại Việt nhanh chóng giành lại quyền kiểm soát, khu vực trạm tiếp tế được giải phóng hoàn toàn.

Khi nguy hiểm đã qua đi, và quân địch đã bị đánh tan tác, Trần Nhật Duật lập tức lao đến bên Linh. Thấy cô vẫn còn bàng hoàng, gương mặt trắng bệch, tay chân rã rời vì quá sợ hãi, chàng không nói một lời. Bằng động tác nhanh gọn và dứt khoát, chàng khẽ cúi người, bế bổng cô lên trong vòng tay vững chãi của mình.

Chàng bế Linh đến một góc lều y tế còn nguyên vẹn, đặt nàng xuống một tấm chiếu sạch. Trần Nhật Duật quỳ một gối bên cạnh nàng, ánh mắt tràn đầy lo lắng quét khắp cơ thể cô, kiểm tra xem cô có bị thương không. "Nàng ổn chứ? Có bị thương ở đâu không?" Giọng chàng gấp gáp. Linh khẽ lắc đầu, vẫn còn thở dốc. Trần Nhật Duật khẽ thở phào nhẹ nhõm, bàn tay đặt lên vai cô để trấn an.

Từ xa, Trần Quốc Nghiễn đã chứng kiến toàn bộ cảnh tượng đó. Ánh mắt chàng vẫn sắc lạnh khi điểm quân, nhưng khi lướt qua nơi Trần Nhật Duật đang bế Linh, một nỗi buồn sâu thẳm thoáng hiện lên trong ánh mắt. Chàng khẽ siết chặt nắm tay, rồi quay đi, hoà vào dòng người đang dọn dẹp chiến trường, tiếp tục với nhiệm vụ của mình.

Sau những ngày tháng chiến đấu gian khổ và chuẩn bị tỉ mỉ, thời khắc quyết định đã đến. Kế hoạch đã được vạch ra tỉ mỉ đến từng chi tiết. Hưng Đạo Vương sai quân đóng hàng ngàn cọc gỗ lim dưới lòng sông Bạch Đằng, tại nơi hiểm yếu nhất cửa sông.

Ngày quyết chiến đã đến! Sáng ngày 9 tháng 4 năm 1288, thuỷ quân Nguyên Mông hùng hậu, rầm rộ tiến vào cửa sông Bạch Đằng, tưởng rằng mình đang truy đuổi một cách dễ dàng hạm đội nhỏ của Đại Việt. Trần Nhật Duật, trên soái thuyền, dẫn đầu những chiếc thuyền nhẹ, lướt đi thoăn thoắt trên mặt sông, vừa đánh vừa lùi, nhử địch vào đúng vị trí hiểm yếu của bãi cọc ngầm. Chàng bình tĩnh ra lệnh, ánh mắt sắc như dao cau dõi theo từng động thái của địch, chờ đợi thời cơ.

Khi thuỷ triều bắt đầu rút xuống, để lộ những bãi cọc nhọn hoắt dưới lòng sông, tiếng tù và và hiệu lệnh phản công của Đại Việt vang lên long trời lở đất. Thuyền địch va phải cọc ngầm và bị chặn lại ở đây. Đích thân vua Trần và Hưng Đạo Vương cầm quân tham chiến. Lúc này, hàng nghìn chiếc thuyền chở nhựa thông của ta cũng xuôi theo dòng nước tiến vào, va vào thuyền quân địch. Nhựa thông gặp gió khiến ngọn lửa cháy càng thêm dữ dội, đốt cháy nhiều chiếc thuyền của địch. Quân ta cũng nhân cơ hội này mà bất ngờ lao ra, tấn công dồn dập. Hạm đội quân Nguyên Mông hoảng loạn, cố gắng tháo chạy nhưng đã quá muộn. Thuyền chiến của chúng, chiếc bị cháy, chiếc bị chìm, ngổn ngang trên mặt sông. Tướng giặc là Ô Mã Nhi bị bắt sống, đem giải đến thuyền ngự của Thượng hoàng. 

Linh, cùng các y sĩ lập trạm xá ngay gần bờ sông, sẵn sàng cứu chữa cho binh lính bị thương. Cô chứng kiến toàn bộ cảnh tượng đầy vinh quang của trận chiến, thấu hiểu sự tàn khốc của chiến tranh, nhưng cũng tự hào đến rơi nước mắt khi thấy quân dân Đại Việt chiến đấu kiên cường đến vậy. 

Tiếp sau đó, một trận đánh quyết định ở Lạng Sơn đã buộc quân Nguyên phải rút về nước. Tại biên giới, chúng bị quân dân Đại Việt đánh cho một trận tơi tả. Mãi đến 10 ngày sau, chúng mới thoát khỏi biên giới mà về đến Tư Minh. Cuộc kháng chiến lần thứ ba lại kết thúc hoàn toàn thắng lợi.

Tiếng reo hò, tiếng kèn trống khải hoàn vang vọng khắp Đại Việt. Nhân dân ăn mừng chiến thắng vĩ đại, niềm vui vỡ oà trong từng ánh mắt. Trần Nhật Duật đứng trên bờ sông Bạch Đằng, ánh mắt lướt qua chiến trường vừa lắng dịu. Bên cạnh chàng, Linh cũng dõi mắt về phía dòng sông. Họ chia sẻ cùng nhau khoảnh khắc của chiến thắng và niềm hi vọng vào tương lai hoà bình. Ánh mắt chàng thoáng nhìn nàng, như một lời ngầm khẳng định về sự bảo vệ vĩnh cửu.