Nhờ có con Cửu Vĩ được phong ấn bên trong, Naruto có thể tiếp cận nguồn chakra khổng lồ của nó. Qua phần chakra của con Cửu Vĩ liên tục trộn lẫn với chakra của Naruto, Naruto có thể buộc phải tiếp cận nguồn chakra bằng cách rơi vào sự thịnh nộ hoặc trực tiếp yêu cầu con Cửu Vĩ để nó trao cho sức mạnh. Khi làm vậy,một luồng chakra hình cáo xuất hiện quanh Naruto với số đuôi biểu thị mức độ sức mạnh hiện thời của cậu. Với mỗi số đuôi làm tăng sức chiến đấu của cậu, Naruto bắt đầu mất cảm giác bản thân khi ngày càng nhiều đuôi xuất hiện, hoàn toàn mất bản thân khi cái đuôi thứ tư xuất hiện.

Trong lần giao chiến với Pain, khi cậu đang thất thế, Hinata đã bất ngờ xuất hiện và cứu cậu, cô đã bày tỏ tất cả tình cảm của mình dành cho cậu và lao thẳng vào Pain, chứng kiến Hinata bị trúng đòn chí mạng ngay trước mắt mình, Naruto cảm thấy đau đớn vô cùng, cậu đã nổi cơn phẫn nộ và sử dụng đến mức hồ ly 6 đuôi và dần lộ thêm thành 8 đuôi. Đó cũng là mức sức mạnh Cửu Vĩ mạnh nhất mà Naruto lúc đó có thể dùng.

Chính vì thế, Naruto suýt nữa đã để cho Cửu Vĩ khống chế mình, nhưng may mắn là Hokage Đệ tứ xuất hiện, phong ấn Cửu Vĩ lại lần nữa. Ông đã tiết lộ rằng mình chính là cha của Naruto, về những việc ông đã làm cho cậu, kể cả sự hắt hủi Naruto của dân làng bấy lâu nay mà đúng ra phải biết ơn vì cậu là con trai của Đệ tứ. Trước khi biến mất, ông động viên cậu rằng:"Con sẽ tìm ra câu trả lời"

Naruto lợi dụng nguồn chakra to lớn của mình trong suốt câu chuyện. Ví dụ đầu tiên và thường gặp nhất là Ảnh Phân Thân Chi Thuật, thuật có thể tạo bất kì số lượng phân thân nào của người dùng, nhưng nó cần một lượng chakra rất lớn. Tuy nhiên, Naruto lại có thể tạo hàng trăm phân thân cùng một lúc mà không lo đuối sức. Cậu đã tìm ra nhiều ích lợi của phân thân này, như áp đảo đối phương và do thám một vùng rộng lớn trong một khoảng thời gian ngắn.

Khả năng triệu hồi cóc để hỗ trợ cậu trong trận chiến cũng dựa vào chakra của Cửu Vĩ, vì cậu chỉ có thể triệu tập con cóc lớn với sự giúp đỡ của Cửu Vĩ. Ngoài ra, cậu cũng học tiên thuật - một khả năng có thể tăng cường sức mạnh của cậu.

Rasengan là một chiêu thức có hình dạng một quả cầu tập trung chakra đang xoắn ốc được sáng tạo bởi cha cậu - Namikaze Minato, là phương cách tấn công ưa thích của Naruto.

    Khi thực hiện thuật Naruto tạo ảnh phân thân để giúp cậu bằng cách vận động chakra vào với nhau. Do khả năng tập trung chakra thấp, cậu phải dùng các ảnh phân thân dùng nhiều hơn 2 tay cùng tạo nên quả cầu, 1 tay tập trung chakra, 2 tay còn lại định hình và xoay tròn quả cầu.nBản thân nó có khả năng nghiền nát bất kì thứ gì nó gặp phải và gây sát thương lớn, Minato sáng tạo Rasengan với ý định trộn lẫn nó với chính chakra yếu tố của mình, nhưng ông không làm được. Qua việc luyện tập liên tục với ảnh phân thân, Naruto đã có thể trộn lẫn Rasengan với chakra thuộc tính phong của mình.  Điều này đã tạo nên chiêu Rasenshuriken, có thể chuyển đổi thành hàng vạn phi tiêu chakra gây tổn thương bất kì thứ gì nó chạm vào ở mức độ tế bào nhưng bàn tay mà cậu ta dùng cũng bị tổn thương.

   
    Sau khi lên núi cóc Naruto đã học được Senjutsu, nhờ vậy, khi ở Sennin Mōdocó thể ném đi Rasensuriken rất mạnh và không bị đau tay, luyện tập nhiều thuật mới và trở thành 1 tiên nhân. Ở trạng thái này cậu có thể dễ dàng tạo ra Raserenngan, là 2 Rasenrengan tấn công một lúc mà không cần đến sự trợ giúp của ảnh phân thân.

Ngoài ra, cậu còn học được Gamaken hay võ cóc, làm tăng nhanh khả năng Thể Thuật. Với sức mạnh của mình, Naruto đã đánh bại được 6 cơ thể Pain, trả thù cho những Ninja làng Lá đã bị hắn giết. Cậu một mình tìm đến nơi ẩn náu của Nagato-kẻ điều khiển Pain-với ý định lắng nghe suy nghĩ, quá khứ đau thương của hắn, để đưa ra câu trả lời về hòa bình mà thầy Jiraiya đã ấp ủ và theo đuổi bấy lâu nay.

Ở manga chapter 439, Naruto đã gặp cha mình Namikaze Minato khi đang chiến đấu với Pain. Vì Hinata đã tỏ tình với cậu cộng thêm hành động Pain lấy thanh sắt của lục đạo đâm vào Hinata và đã được Sakura cứu chữa.  Naruto đã xuất hiện lên 6 đuôi và tiếp tục tăng lên đến 8 đuôi. Và ngay lúc đó, Minato đã xuất hiện, ngăn chặn Cửu Vỹ khỏi sự giải thoát của Naruto. Sau đó Naruto sử dụng Rasengan giết chết Pain Thiên đạo 6. Naruto đã trở thành 1 anh hùng, ninja anh hùng của làng Lá. Từ đó, cậu được mọi người quý mến, không bị xa lánh và hắt hủi như trước kia nữa.