79

Chương 4

Nucleic acid

4.1. Thành phần hoá học của nucleic acid

Nucleic acid, vật chất mang thông tin di truyền của các hệ thống

sống, là một polymer được hình thành từ các monomer là nucleotide.

Trong nucleic acid có chứa các nguyên tố C, H, O, N và P. Hàm lượng P

từ 8- 10% Mỗi nucleotide gồm 3 thành phần kết hợp với nhau theo tỷ lệ

1:1:1, bao gồm: nhóm phosphate, đường pentose (là đường 5 carbon) và

một base nitơ (nitrogen).

4.1.1 Base nitơ (Nitrogen)

Các base nitơ (nitrogen) thuộc phân tử nucleic acid đều là dẫn xuất

của base purine hoặc pyrimidine. Các base purine gồm adenine (6-amino

purine) và guanine (2-amino, 6-aminopurine), các base nitơ pyrimidine

gồm thymine (2,6-dioxy, 5-methylpyrimidine), cytosine(2-oxy,6-

aminopyrimidine) và uracil (2,6 dioxypyrimidine).( Hình 4.1.)

Hình 4.1 Công thức cấu tạo của các base nitơ (nitrogen) trong nucleic acid

4.1.2 Đường pentose

Đường pentose trong nucleic acid gồm có hai loại là đường deoxyribose

và ribose. Sự có mặt của 2 loại đường này là một trong những đặc điểm để phân

biệt DNA và RNA.

4.1.3 Phosphoric acid

Là một acid vô cơ - H3PO4 80

Hình 4. 2. Công thức cấu tạo của hai loại đường pentose trong nucleic acid

4.1.4. Sự tạo thành nucleoside

Nucleoside là sản phẩm thuỷ phân không hoàn toàn của nucleic

acid. Nucleoside gồm có hai thành phần là đường pentose và một base nitơ

(nitrogen, thuộc purine hay pyrimidine). 81

Hình 4. 3. Cấu tạo hoá học của các nucleoside và nucleotide

4.1.5. Sự tạo thành nucleotide

Nucleotide cũng là sản phẩm thuỷ phân không hoàn toàn của

nucleic acid. Nucleotide gồm có ba thành phần: đường pentose, một base

nitơ (nitrogen) và phosphoric acid (Hình 4.3).

4.1.6. Sự tạo thành nucleic acid

Các nucleotide được nối với nhau bằng liên kết phosphodiester

Acide thông qua các nhóm OH ở vị trí C3'

và C5'

của đường pentose để

tạo thành một chuỗi dài gọi là polynucleotide. Do liên kết phosphodiester

được tao thành ở vị trí C3'

và C5'

nên chuỗi polypeptide có tính phân cực:

đầu 5'

thường có gốc phosphate và đầu 3'

thường có OH tự do. Nucleic

acid gồm hai loại phân tử có cấu tạo rất giống nhau là DNA

(desoxyribonucleic acid) và RNA (ribonucleic acid).

4.1.7. Một số nucleotide quan trọng không tham gia cấu tạo nucleic acid

- ADP và ATP 82

ADP (adenosindiphosphate) và ATP (adenosintriphosphate) là

những dẫn xuất của adenine, chúng tham gia quá trình phosphoryl hoá-oxy

ate cao năng trong tế bào (Hình 4.4). hoá. ATP được coi là nguồn phosph

Hình 4.4. Cấu tạo ho học của ADP và ATP

- cAMP(AMP vòng)

hate vòng được hình thành từ ATP, cAMP chỉ

tìm th

phosphate) và UTP (uridinetriphosphate) đều là

những

á

Adenosinemonophosp

ấy ở tế bào động vật và vi khuẩn, nó thường liên kết với màng bào

tương của tế bào và tham gia nhiều quá trình chuyển hoá. cAMP có thể

được sinh ra nhờ một số hormone hoạt hoá adenylcyclase (Hình 4.5.)

- UDP và UTP

UDP (uridinedi

dẫn xuất của uracil là những coenzyme quan trọng trong các phản ứng

trung gian chuyển hoá glucose và galactose. Ngoài ra, chúng còn tham gia

trong việc hình thành những hợp chất phosphate giàu năng lượng.

Hình 4.5. Cấu tạo hoá học của AMP vòng (cAMP)

- CDP và

phosphate) và CTP (cytidinetriphosphate) là những

dẫn x

CTP

CDP (cytidindi

uất của cytidine. CTP cũng là hợp chất giàu năng lương và co thể

tham gia nhiều phản ứng khác nhau như: phosphoryl hoá ethanolamine để 83

dẫn đến sự sinh tổng hợp cephaline hoặc phản ứng với phosphate choline

để hình thành cytidinediphosphate-choline (CDP-Choline, hình 4.6).

Hình 4.6. Cấu tạo hoá học của CDP- cholin

4.1.8. Các coenzyme nucleotide

c một số nucleotide tham gia cấu tạo nên

các c

Hiện nay người ta biết đượ

oenzyme quan trọng như vitamin B5 (pantothenic acid) trong

coezyme A (SH-CoA), vitamin B2 (riboflavine) trong coenzyme flavin

adenine đinucleotide (FAD) và vitamin PP (nicotinamide) trong coenzyme

nicotinamide adenine dinucleotide (NAD) v.v...Chúng được phosphoryl

hoá khi làm chức phận nhóm ngoại của các enzyme trong chuyển hoá

trung gian, (hình 4.7)

84

FAD

Hình 4.7. Cấu tạo hoá học của một số coenzyme

4.2. Cấu trúc của nucleic acid

4.2.1 DNA (Desoxyribonucleic acid)

Phân tử DNA là một chuỗi xoắn kép gồm hai chuỗi đơn. Mỗi chuỗi

đơn là một chuỗi nucleotide. Mỗi nucleotide gồm ba thành phần: nhóm

phosphate, đường desoxyribose và một trong bốn base và thường được ký

hiệu bằng chữ cái đầu tiên của các base đó (A-adenine, C- cytosine, G-

guanine và T- thymine). Hai chuỗi đơn kết hợp với nhau nhờ các liên kết

hydrogen hình thành giữa các base bổ sung nằm trên hai chuỗi: A bổ sung

cho T và C bổ sung cho G. Mỗi chuỗi đơn có một trình tự định hướng với

một đầu 5'phosphate tự do, đầu kia là 3' hydroxyl tự do (quy ước là 5' →

3'. Hướng của hai chuỗi đơn trong chuỗi xoắn kép ngược nhau, nên được

gọi là hai chuỗi đối song. Những phân tích cấu trúc hiện đại đã cho thấy 85

cấu trúc của DNA không phải luôn luôn tương ứng với dạng được gọi là B

mà Watson và Crick đã đưa ra. Do sự tác động của các hợp chất có trọng

lượng nhỏ hoặc protein dạng B có thể chuyển sang dạng A (nén nhiều

hơn) hoặc là dạng Z (xoắn trái). Chúng có thể tự gấp lại (DNA) hoặc xoắn

mạnh, ví dụ một chuỗi kép DNA có độ dài là 20 cm được nén trong một

chromosome có kích thước là 5 μm.

Liên kết hydrogen

1 nm

3,4 nm

0,34 nm

(b) Cấu trúc hóa học của một phần DNA (a) Cấu trúc của DNA

Hình 4.8. Chuỗi xoắn kép của DNA

Phân tử DNA trong nhiễm sắc thể của sinh vật eukaryote ở dạng

thẳng, còn ở phần lớn tế bào prokaryote (vi khuẩn) phân tử DNA có dạng vòng.

Dù ở dạng nào thì các phân tử DNA đều tồn tại dưới dạng cuộn chặt. Trong tế

bào eukaryote, DNA kết hợp chặt chẽ với các protein là histone.

86

Các base Trục đường-phosphate

.

Thymine (T)

Adenine (A)

Cytosine (C)

DNA nucleotide

Phosphate

Đường (deoxyribose)

Guanine (G)

Hình 4.9. Cấu trúc của các nucleotide điển hình.

DNA của eukaryote có kích thước rất lớn (ví dụ DNA ở người có thể

dài đến 1 m) nên câu hỏi đặt ra là phân tử này phải được nén như thế nào

vào thể tích rất hạn chế của nhân. Việc nén được thực hiện ở nhiều mức

độ, mức độ thấp nhất là nucleosome và mức độ cao nhất là cấu trúc nhiễm

sắc chất. Thật vậy, đường kính của chuỗi xoắn DNA chỉ là 20

, trong khi

sợi nhiễm sắc chất quan sát dưới kính hiển vi điện tử có đường kính

100

A, đôi khi đạt 300

. Điều này chứng tỏ phân tử DNA tham gia hình

thành những cấu trúc phức tạp hơn (Hình 4.10). Sợi có đường kính 100

là một chuỗi nhiều nucleosome. Đó là những cấu trúc hình thành từ một

A

A

A 87

chuỗi DNA quấn quanh một lõi gồm 8 phân tử histon. Sợi 100 này

được tổ chức thành cấu trúc phức tạp hơn là sợi có đường kính 300

.

Trong nhân tế bào, các sợi vừa kể trên kết hợp chặt chẽ với nhiều protein

khác nhau và cả với các RNA tạo hành nhiễm sắc chất, mức độ tổ chức

cao nhất của DNA

A

A

Chuỗi xoắn kép DNA

Dạng xâu chuỗi của

nhiễm sắc thể

Sợi nhiễm sắc chất

đường kính 30 nm gồm

các nucleosome được

đóng gói

Vùng nhiễm sắc thể

ở dạng lỏng lẽo

Vùng nén chặt của

nhiễm sắc thể ở trung kỳ

Nhiễm sắc thể ở trung kỳ

2 nm

11 nm

30 nm

300 nm

700 nm

1400 nm

Hình 4.10. Cấu trúc nucleosome và nhiễm sắc thể.

Phân tử DNA được sắp xếp trên nhiễm sắc thể làm cho chiều dài

ngắn lại hơn 50.000 lần.

Các DNA ở eukaryote có đặc điểm khác với DNA prokaryote. Toàn

bộ phân tử DNA prokaryote đều mang thông tin mã hóa cho các protein

trong khi đó DNA eukaryote bao gồm những trình tự mã hoá (các exon) 88

xen kẽ với những trình tự không mã hoá (intron). Các trình tự mã hoá ở

eukaryote chìm ngập trong một khối lớn DNA mà cho đến nay vẫn chưa

rõ tác dụng. Tùy theo mức độ hiện diện của chúng trong nhân, các trình tự

DNA được chia làm ba loại:

- Các trình tự lặp lại nhiều lần. Ví dụ: ở động vật có vú các trình tự

này chiếm 10-15% genome (hệ gen). Đó là những trình tự DNA ngắn (10-

200 kb), không mã hoá, thường tập trung ở những vùng chuyên biệt trên

nhiễm sắc thể như ở vùng tâm động (trình tự CEN) hay ở đầu các nhiễm

sắc thể (trình tự TEL). Chức năng của các trình tự này chưa rõ, có thể

chúng tham gia vào quá trình di chuyển DNA trên thoi vô sắc (trình tự

CEN) hoặc vào quá trình sao chép toàn vẹn của phần DNA nằm ở đầu mút

nhiễm sắc thể (trình tự TEL).

- Các trình tự có số lần lặp lại trung bình. Ví dụ: ở genome người

các trình tự này chiếm 25-40 %. Chúng đa dạng hơn và có kích thước lớn

hơn (100-1.000 kb) các trình tự lặp lại nhiều lần. Các trình tự này phân bố

trên toàn bộ bộ gen. Chúng có thể là những trình tự không mã hóa mà

cũng có thể là những trình tự mã hóa cho rRNA, tRNA và RNA 5S.

- Các trình tự duy nhất: là các gen mã hóa cho các protein, có trình

tự đặc trưng cho từng gen.

Một đặc điểm của phân tử DNA có ý nghĩa rất quan trọng được sử

dụng vào phương pháp lai phân tử. Đó là khả năng biến tính và hồi tính.

Biến tính là hiện tượng hai sợi đơn của phân tử DNA tách rời nhau khi các

liên kết hydrogen giữa các base bổ sung nằm trên hai sợi bị đứt do các tác

nhân hóa học (dung dịch kiềm, formamide, urea) hay do tác nhân vật lý

(nhiệt). Sau đó, nếu điều chỉnh nhiệt độ và nồng độ muối thích hợp, các

sợi đơn có thể bắt cặp trở lại theo nguyên tắc bổ sung, để hình thành phân

tử DNA ban đầu, đó là sự hồi tính.

4.2.2 RNA (Ribonucleic acid )

Phân tử RNA có cấu tạo tương tự DNA với ba điểm khác biệt sau:

- Phân tử RNA là chuỗi đơn.

- Đường pentose của phân tử DNA là deoxyribose được thay bằng ribose.

- Thymine, một trong bốn loại base hình thành nên phân tử DNA,

được thay thế bằng uracil trong phân tử RNA.

Cấu trúc và chức năng của RNA có sự biến đổi rõ rệt. Về cơ bản

RNA chỉ là chất mang thông tin di truyền ở virus, sau đó người ta chứng

minh rằng nó không những đóng vai trò cơ bản ở việc chuyển thông tin di

truyền mà còn có vai trò cấu trúc khi tạo nên phức hệ RNA-protein. 89

Theo một lý thuyết tiến hóa mà đại diện là Manfred Eigen, RNA là

chất mang thông tin di truyền, thành viên trung gian của sự biểu hiện gen,

thành phần cấu tạo và là chất xúc tác. Nhóm OH rượu ở vị trí thứ hai của

ribose cần thiết cho đa chức năng làm nhiễu loạn sự tạo thành chuỗi kép,

qua đó làm tăng độ không bền vững của liên kết photphodieste.

Trong tế bào có ba loại RNA chính, có các chức năng khác nhau:

- Các RNA thông tin (mRNA)

mRNA là bản sao của những trình tự nhất định trên phân tử DNA,

có vai trò trung tâm là chuyển thông tin mã hóa trên phân tử DNA đến bộ

máy giải mã thành phân tử protein tương ứng. Các RNA có cấu trúc đa dạng,

kích thước nhỏ hơn so với DNA vì chỉ chứa thông tin mã hóa cho một hoặc vài

protein và chỉ chiếm khoảng 2-5% tổng số RNA trong tế bào.

Quá trình chuyển thông tin được thể hiện như sau:

Phiên mã Dịch mã

DNA RNA Protein

Ở Escherichia coli, kích thước trung bình của một phân tử mRNA

khoảng 1,2 kb.

- RNA vận chuyển (tRNA)

tRNA làm nhiệm vụ vận chuyển các amino acid hoạt hóa đến

ribosome để tổng hợp protein từ các mRNA tương ứng. Có ít nhất một loại

tRNA cho một loại amino acid. tRNA vận chuyển chứa khoảng 75

nucleotide (có trọng lượng khoảng 25 kDa), là phân tử RNA nhỏ nhất. Các

tRNA có cấu trúc dạng cỏ ba lá (Hình 7). Cấu trúc này được ổn định nhờ

các liên kết bổ sung hiện diện ở nhiều vùng của phân tử tRNA. Hai vị trí

không có liên kết bổ sung đóng vai trò đặc biệt quan trọng đối với chức

năng của tRNA:

- Trình tự anticodon gồm ba nucleotide.

- Trình tự CCA, có khả năng liên kết cộng hóa trị với một amino

acid đặc trưng.

- RNA ribosome (rRNA)

rRNA là thành phần cơ bản của ribosome, vừa đóng vai trò xúc tác

và cấu trúc trong sự tổng hợp protein.

Tùy theo hệ số lắng rRNA được chia thành nhiều loại: ở eukaryote

có rRNA 28S, 18S, 5,8S và 5S, còn các rRNA ở E. coli có ba loại: 23S, 90

16S và 5S. rRNA chiếm nhiều nhất trong ba loại RNA (80% tổng số RNA

tế bào), tiếp đến là tRNA và mRNA chỉ chiếm 5%.

Ribosome của mọi tế bào đều gồm một tiểu đơn vị nhỏ và một tiểu

đơn vị lớn. Mỗi tiểu đơn vị có mang nhiều protein và rRNA có kích thước

khác nhau.

.

Amino acid

anticodon

Hình 4.11. Mô hình cấu trúc của một tRNA

- Một số loại RNA khác.

Tế bào sinh vật nhân chuẩn còn chứa một số loại RNA khác, chúng

đều có vai trò nhất định trong bộ máy tổng hợp protein như:

+ snRNA (small nuclear) là những phân tử RNA nhỏ tham gia vào

việc ghép nối các exon.

+ hn RNA( heterogenous nuclear) là những RNA không đồng nhất ở

nhân tế bào.

+ scRNA (small cytoplasmic) là những RNA nhỏ của tế bào chất.

91

Bảng 4.1. Các phân tử RNA trong E. coli

Loại Tổng số tương

đối (%)

Hệ số

lắng (S)

Khối lượng phân

tử (kDa)

Số lượng

nucleotide

rRNA

tRNA

mRNA

80

15

5

23

16

5

4

1,2 × 103

0,55 × 103

3,6 × 101

2,5 × 101

Không đồng nhất

3700

1700

120

75

Nhìn chung tất cả RNA trong tế bào đều được tổng hợp nhờ enzyme

RNA polymerase. Enzyme này đòi hỏi những thành phần sau đây:

a) Một khuôn mẫu, thường là DNA chuỗi đôi.

b) Tiền chất hoạt hóa: Bốn ribonucleoside triphosphate: ATP, GTP,

UTP và CTP.

Sinh tổng hợp RNA giống DNA ở một số điểm, thứ nhất hướng tổng

hợp là 5' → 3', thứ hai là cơ chế kéo dài giống nhau: nhóm 3'-OH ở đầu

cuối của chuỗi tổng hợp là vị trí gắn kết của nucleoside triphosphate tiếp

theo. Thứ ba, sự tổng hợp xảy ra do thủy phân pyrophosphate.

Tuy nhiên, khác với DNA là RNA không đòi hỏi mồi (primer).

Ngoài ra RNA polymerase không có hoạt tính nuclease để sửa chữa khi

các nucleotide bị gắn nhầm.

Cả ba loại RNA trong tế bào được tổng hợp trong E. coli nhờ một

loại RNA polymerase. Ở động vật có vú các RNA khác nhau được tổng

hợp bằng các loại RNA polymerase khác nhau.

4.3. Một số tính chất của nucleic acid

Dung dịch nucleic acid có độ nhớt cao, có hoạt tính quang học (làm

quay mặt phẳng ánh sang phân cực).

Nucleic acid hấp thụ mạnh ở vùng ánh sáng tử ngoại có bước sóng

250-280 nm, cực đại hấp thụ ở 260 nm. Tính chất này được sử dụng để

dịnh lượng nucleic acid và xác định độ sạch của nucleic acid.

Khi đun nóng dung dịch nucleic acid ở nhiệt độ cao, thêm acd hoặc

kiềm để ion hoá các base của nó, nucleic acid bị biến tính. Phân tử DNA

xoắn kép bị tháo rời, độ hấp thụ ở bước song 260 nm tăng lên. Sự tăng độ

hấp thụ này gọi là hiện tượng tăng sắc tố (hyperchromism). Nhiệt độ làm

mất một nửa cấu trúc xoắn kép cuả phân tử DNA được gọi là nhiệt độ 92

nóng chảy (melting temperature) viết tắt là Tm. Các DNA giàu các base G

và C có nhiệt độ nóng chảy cao.

DNA phản ứng với thuốc thử fucsin tạo thành màu đỏ (phản ứng

Feulgen), phản ứng này thường sử dụng trong hoá tế bào.

Để phân biệt DNA và RNA người ta dùng các phản ứng đặc trưng

với thuốc thử orcine tạo thành màu xanh lục bền, desoxyribose của DNA

phản ứng với diphenylamine tạo thành màu xanh da trời bền.