Lý thuyết đạo đức của Khổng tử dựa trên ba quan niệm chính:

Khi Khổng tử trưởng thành, lễ được xem là ba khía cạnh sau trong cuộc đời: hiến tế cho thần thánh, thiết chế chính trị và xã hội, và hành vi hàng ngày.

Lễ được xem là quy phạm đạo đức và hành vi mà Thiên thượng (Trời) chế định cho con người, lấy đó mà biết việc nào nên làm, việc nào không nên làm.

Đối với Khổng Nghĩa là nguồn gốc của Lễ. Nghĩa chính là cách hành xử đúng đắn. Trong khi làm việc vì lễ, vị kỷ cá nhân chưa hẳn đã là xấu và người cư xử theo lễ một cách đúng đắn là người mà cả cuộc đời dựa trên trí. Tức là thay vì theo đuổi quyền lợi của cá nhân mình, người đó cần phải làm những gì là hợp lẽ và đạo đức. Trí là làm đúng việc vì một lý do đúng.
Một ví dụ sống theo Nghĩa là tại sao phải để tang cha mẹ ba năm sau khi chết. Lý do là vì cha mẹ đã phải nuôi dưỡng chăm sóc đưa trẻ toàn bộ trong suốt ba năm đầu đời, và là người có trí phải đền đáp lại bằng cách để tang ba năm.

Cũng như Nghĩa xuất phát từ Lễ, thì Nghĩa cũng xuất phát từ Nhân.  Nhân là cách cư xử tốt với mọi người. Nhân là trung tâm của các đức tính: tình cảm chân thật, ngay thẳng; hết lòng vì nghĩa; nghiêm trang, tề chỉnh; rộng lượng, khoan dung và siêng năng cần mẫn. Người có đức Nhân chỉ hành động vì nhân nghĩa, đối lập với kẻ bất nhân chỉ hành động vì lợi.

Hệ thống đạo đức của Khổng Tử dựa trên lòng vị tha và hiểu những người khác thay vì là việc cai trị dựa trên luật pháp có được như một quyền lực thần thánh. Để sống mà được cai trị bằng Nhân thì thậm chí còn tốt hơn là sống trong luật pháp của Nghĩa. Đức hạnh theo Khổng tử là dựa trên việc sống hài hòa với mọi người.

Khổng Tử nói: "Muốn nhân mà không muốn học thì bị cái che mờ là ngu, muốn trí mà không muốn học thì bị cái che mờ là cao kỳ, muốn tín mà không muốn học thì bị cái che mờ là hại nghĩa, muốn trực mà không muốn học thì bị cái che mờ là ngang ngạnh, muốn dũng mà không muốn học thì bị cái che mờ là loạn, muốn cương mà không muốn học thì bị cái che mờ là táo bạo khinh suất".

Ông áp dụng nguyên tắc trên như sau: "Kỷ sở bất dục, vật thi ư nhân - Cái gì mà ta không muốn thì đừng làm cho người khác"

Dựa theo mức độ tu dưỡng đạo đức, Khổng Tử chia loài người thành ba hạng:

Thánh nhân: Bậc hiền giả, người thể hiện và chuyển giao chân lý minh triết.
Quân tử: Người cao nhã, kẻ phấn đấu để làm điều chân chính.
Tiểu nhân: Kẻ "hèn mọn", hành động không màng tới đạo đức.

Khổng Tử nói: "Người quân tử sợ ba điều: sợ mệnh trời, sợ bậc đại nhân, sợ lời nói của thánh nhân. Kẻ tiểu nhân không biết mệnh trời, nên không sợ, mà còn khinh nhờn bậc đại nhân, giễu cợt lời nói của thánh nhân. Người quân tử ung dung mà không kiêu căng, kẻ tiểu nhân kiêu căng mà không ung dung".

Trong cuốn Luận Ngữ, Khổng Tử tự coi mình là một "người truyền đạt lại cái đã có mà không phát minh ra thứ gì khác". Ông rất nhấn mạnh trên tầm quan trọng của sự học, và chương mở đầu Luận Ngữ cũng đề cập tới việc học. Thay vì tìm cách xây dựng một lý thuyết mang tính hệ thống về cuộc sống và xã hội  thông qua các cuốn kinh cũ và qua các sự kiện quá khứ có liên quan (như Kinh Xuân Thu) hay những tình cảm của nhân dân trong quá khứ (như Kinh Thi).

Sự giáo hóa của Khổng Tử chủ yếu là làm sao cho sáng tỏ cái đức sáng của con người, chớ không đặt trọng tâm vào sự truyền thụ kiến thức. Đây là một phương pháp giáo dục rất hay để khai mở cái Tâm của con người.

Khổng Tử coi việc dạy học là để mưu cầu lợi ích cho nhân dân chứ không phải để mưu lợi cá nhân. Ông nói "Chỉ cần tự mình dâng lên một xâu thịt khô làm lễ xin học, thì ta chưa từng bao giờ từ chối ai làm học trò của ta". Nội dung giáo dục của Khổng Tử đối với học trò có bốn mặt là văn, hạnh, trung, tín. Người làng Hỗ Hương rất khó cùng trò chuyện. Một đứa trẻ làng ấy đến yết kiến Khổng Tử xin vào học. Học trò của Khổng Tử cảm thấy nghi hoặc không hiểu nổi. Khổng Tử nói "Ta tán thành mặt tiến bộ của họ, không tán thành mặt yếu kém của họ. Chẳng việc gì phải đối xử quá đáng với họ. Người ta thanh khiết tốt đẹp đến với mình thì nên tán thành sự thanh khiết tốt đẹp của họ, không nên cứ truy cứu việc quá khứ của họ".

Ở thời đại của sự phân chia, hỗn loạn và những cuộc chiến tranh không dứt giữa các nước chư hầu, ông muốn tái lập Thiên Mệnh để có thể thống nhất "thiên hạ" (天下, mọi thứ dưới gầm trời, ở đây nghĩa là Trung Quốc) và mang lại hòa bình, thịnh vượng cho nhân dân. Vì thế Khổng Tử thường được coi là người đã đề xướng chủ nghĩa bảo thủ. Ông mơ ước về sự khôi phục một vương quốc thống nhất mà những vị vua phải được lựa chọn xứng đáng theo đạo đức (như vua Nghiêu, vua Thuấn) chứ không phải theo dòng họ. Những người cai trị phải hành động vì nhân dân, và họ phải đạt tới mức hoàn thiện. Một vị vua như vậy có thể dùng đạo đức của mình giáo hóa nhân dân thay vì áp đặt mọi người bằng pháp luật và quy định.

Khổng Tử cũng nhấn mạnh trên cái mà ông gọi là "Lễ và Nhạc", coi hai thứ đó là những trụ cột của sự cân bằng cho trật tự và sự hài hòa.
Lễ là các yêu cầu và quy phạm trong việc đối nhân xử thế; còn Nhạc (âm nhạc, văn nghệ) là để thống nhất mọi con tim cùng chung vui, cũng là để giữ gìn đức hạnh. Ông nói thêm rằng lễ không chỉ là cúng tế, và âm nhạc không chỉ là âm thanh của dùi đánh vào chuông. Cả hai còn là cách truyền đạt giữa lòng nhân của một người và hoàn cảnh xã hội của anh ta; cả hai yếu tố đó đều tăng cường các mối quan hệ xã hội, như Ngũ Thường (năm mối quan hệ chủ yếu): quân thần (vua tôi), phụ tử (cha con), phu thê (vợ chồng), huynh đệ (anh em) và bằng hữu (bạn bè). Các trách nhiệm luôn được cân bằng, và nếu một thần dân phải tuân lệnh vua, thì thần dân cũng phải can ngăn khi nhà vua sai lầm.