Vào một ngày kia, chàng thám tử trung học, Kudou Shinichi đột ngột mất tích sau một buổi đi chơi tại Tropical Land, để lại cho nhóc tì bảy tuổi Edogawa Conan, tìm hiểu xem chuyện gì đã xảy ra với anh trai của mình.